Código
library(tidyverse)
library(DT)
library(sf)
library(rgdal)
library(raster)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(viridis)
library(ggplot2)
library(plotly)Mapeo y graficación de datos de orquídeas
Autores: Daniel Saravia Cruz y Bryan Murcia
Introducción
El presente documento se enfoca en la temática de conservación de Costa Rica, específicamente en relación a las áreas protegidas y la presencia de orquídeas en el país. Se presenta una breve explicación sobre el contenido del documento, que incluye información sobre las áreas de conservación en Costa Rica y los registros de presencia de orquídeas.
Las fuentes de datos utilizadas son el Web Feature Service (WFS) proporcionado por el Sistema Nacional de Áreas de Conservación (Sinac) de Costa Rica, que ofrece información detallada sobre las áreas de conservación del país. También se menciona el uso de los registros de presencia de orquídeas de Costa Rica obtenidos a través de una consulta al portal de datos de GBIF (Global Biodiversity Information Facility), una plataforma global que recopila datos de biodiversidad de todo el mundo.
Enlaces a las fuentes de datos: - Áreas de conservación de Costa Rica en Web Feature Service (Sinac): Archivo GeoJSON de áreas de conservación de Costa Rica - Registros de presencia de orquídeas de Costa Rica en GBIF: Archivo CSV de registros de presencia de orquídeas de Costa Rica
Carga de paquetes
Carga de datos
Código
areas <-
st_read(
"areas_conservacion_simp_10m.geojson",
quiet = TRUE # para evitar el despliegue de mensajes
)
orquideas <-
st_read(
"orquideas.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude" # columna de latitud decimal
),
quiet = TRUE
)
areas <-
areas |>
st_transform(4326)
st_crs(orquideas) <- 4326Tabla de riqueza de especies de orquídeas en áreas de conservación
Código
orquideas_union_areas <-
st_join(
x = orquideas,
y = dplyr::select(areas, nombre_ac), # selección de columna cod_canton
join = st_within
)
riqueza_especies_orquideas_area <-
orquideas_union_areas |>
st_drop_geometry() |>
group_by(nombre_ac) |>
summarize(riqueza_especies_orquideas = n_distinct(species, na.rm = TRUE))
areas_union_riqueza <-
left_join(
x = areas,
y = dplyr::select(riqueza_especies_orquideas_area, nombre_ac, riqueza_especies_orquideas),
by = "nombre_ac"
) |>
replace_na(list(riqueza_especies_orquideas = 0))
areas_union_riqueza |>
st_drop_geometry() |>
dplyr::select(nombre_ac, riqueza_especies_orquideas) |>
arrange(desc(riqueza_especies_orquideas)) |>
datatable(
colnames = c("Nombre del área de conservación", "Riqueza de especies de orquídeas"),
options = list(
pageLength = 5,
language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
)
)Mapa de riqueza de especies de orquídeas en áreas de conservación
Código
colores_riqueza_especies <-
colorNumeric(
palette = "Reds",
domain = areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,
na.color = "transparent"
)
# Paleta de colores de especies
colores_especies <- colorFactor(
palette = viridis(length(unique(orquideas$species))),
domain = orquideas$species
)
# Mapa leaflet
leaflet() |>
setView(
lng = -84.19452,
lat = 9.572735,
zoom = 7) |>
addTiles(group = "Mapa general (OpenStreetMap)") |>
addProviderTiles(
providers$Esri.WorldImagery,
group = "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
) |>
addPolygons(
data = areas_union_riqueza,
fillColor = ~ colores_riqueza_especies(areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas),
fillOpacity = 0.8,
color = "black",
stroke = TRUE,
weight = 1.0,
popup = paste(
paste("<strong>Área de conservación:</strong>", areas_union_riqueza$nombre_ac),
paste("<strong>Riqueza de orquídeas:</strong>", areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas),
sep = '<br/>'
),
group = "Riqueza de orquídeas"
) |>
addScaleBar(
position = "bottomleft",
options = scaleBarOptions(imperial = FALSE)
) |>
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_riqueza_especies,
values = areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,
group = "Riqueza de especies",
title = "Riqueza de especies"
) |>
addCircleMarkers(
data = orquideas,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = ~colores_especies(orquideas$species),
fillOpacity = 1.0,
popup = paste(
paste0("<strong>Especie: </strong>", orquideas$species),
paste0("<strong>Localidad: </strong>", orquideas$locality),
paste0("<strong>Fecha: </strong>", orquideas$eventDate),
paste0("<strong>Fuente: </strong>", orquideas$institutionCode),
paste0("<a href='", orquideas$occurrenceID, "'>Más información</a>"),
sep = '<br/>'
),
group = "Registros de presencia"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c(
"Mapa general (OpenStreetMap)",
"Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
),
overlayGroups = c(
"Riqueza de especies",
"Registros de presencia"
)
) |>
addResetMapButton() |>
addSearchOSM() |>
addMouseCoordinates() |>
addFullscreenControl() |>
hideGroup("Registros de presencia")